상상 초월의 스펙터클한 모험이 펼쳐진다! 동물학자인 어머니 ‘엘레나’(에바 롱고리아), 고고학자인 아버지 ‘콜’(마이클 페나)과 함께 열대 우림을 모험하며 어린 시절을 보낸 ‘도라’(이사벨라 모너)는 이제 16살이 됐다. 할머니(아드리아나 바라자)와 사촌 ‘디에고’(제프리 월버그)와 도시에서 살게 된 ‘도라’는 무질서한 학교에 입학하게 된다. 어느 날, 현장 학습으로 간 자연사 박물관에서 ‘도라’와 세 친구들은 의문의 도둑 무리에게 납치당한다. 그들은 역사상 가장 진귀한 고고학적 발견물인 고대의 잃어버린 도시 파라파타와 ‘도라’의 부모님을 만나길 소망하는데… ‘도라’와 그의 원숭이 ‘부츠’, 그리고 친구들은 수백년 전 잃어버린 도시의 비밀을 찾아 부모님을 구해낼 수 있을까?